O fluxo de regulação inicia-se nas Unidades de Saúde do SUS, onde o médico avalia a necessidade de encaminhamento do paciente à uma avaliação especializada. A solicitação é encaminhada à Secretaria Municipal de Saúde (SMS), que cadastra o pedido no sistema informatizado chamado SISREG ou enviada via protocolo, via malote; o médico regulador avalia, classifica a solicitação e autoriza o agendamento, conforme a disponibilidade de agenda; a solicitação autorizada é agendada/marcada com base na gravidade e tempo de espera dos procedimentos de responsabilidade municipal.
Na Central Municipal de Regulação também funciona o Tratamento Fora de Domicilio-TFD do município, que é responsável pelo transporte e acomodação para tratamento clínico/cirúrgico fora de Sinop.